Hiro Utano, jeune doctorant en études scientifique se consacre à deux choses dans la vie : ses recherches et sa petite amie, Emma. Mais le soir de sa demande en mariage, un violent séisme secoue Tokyo et la terre s'effondre sous ses pieds. Hiro reprend connaissance dans un monde ravagé, peuplé de créatures mutantes appelées les variants. Dans les décombres de son laboratoire de recherche, Hiro découvre un étrange pistolet. Très efficace pour se débarrasser des variants, l'arme a un autre secret : elle permet de voyager dans le temps ! Peut-être lui permettra-t-elle de retrouver sa bien aimée?